Parafia Pierzchnica jest prawie tak stara jak i sama jej nazwa. Jej istnienie potwierdzają po raz pierwszy spisy świętopietrza z 1336 r., a w 1342 r. wykazano, że należy do dekanatu kijskiego[1]. W 1359 r. biskup krakowski Bodzanta zamienił z Tomisławem kanonikiem krakowskim dochód z karczmy należącej do probostwa kieleckiego na dziesięcinę ze wsi Pierzchnica. Zapewne wtedy utworzona została przy kolegiacie kieleckiej prebenda o tej właśnie nazwie[2].
W opisie Jana Długosza (1470-1480), we wsi znajduje się kościół drewniany p.w. św. Małgorzaty, którego prawo kolatorskie należało do królów polskich. Z 14 łanów miejskich dawano dziesięcinę dla prebendy kieleckiej zwanej pierzchnicka, a wartość jej wynosiła 12 grzywien (zatem grzywna z łana – ci wydaje się dużo – przyp. DK). Mikołaj, aktualny kapłan świątyni, określony został jako rector Ecclesia – terminu rector scholae lub minister ecclessiae używano parafiach miejskich na terenie archidiakonatu kurzelowskiego w dokumentach. Zwykle miał on mieszkanie przy szkole, wynagradzany był przez plebana i był przez niego prezentowany. Pod jego kierownictwem pozostawali uczniowie szkoły, do jego obowiązków należały również pewne posługi przy kościele[3]. -Dalej, pleban miał do dyspozycji jeden łan miejski położony obok roli Mateusza Królika, łan w Skrzelczycach, położony obok roli Mikołaja Śliwka, łan we wsi Osiny obok ról należących do sołectwa, łąkę zwaną Szwiczonka oraz łąkę w osadzie Crzathly z sadzawką i należącą do niej łąką; miał również cztery ogrody w mieście Pierzchnica, z których mieszkańcy mieli obowiązek pracować po jednym dniu na tydzień. Dziesięcina odbierana była ze Strojowa, wsi należącej do Jakuba Lubańskiego, a raczej od trzech rycerzy herbu Grabie, mający trzy role – czyli drobnego rycerstwa, chciałoby się powiedzieć szlachty zagrodowej. Otrzymał również dziesięcinę z wójtostwa tejże prebendzie w gonithwam, a na terenie miasta pleban ma jeden łan wolny i ogrody. Parafia obejmuje wówczas oprócz miasta Pierzchnica tylko jedną wieś Strojnów, a w XVI w. dochodzą Osiny, Pierzchnianka, Szczecno oraz Ujny[4].
Według opisu powizytacyjnego z 1565 r. drewniany kościół pierzchnicki miał sobotę, czyli drewniany krużganek wokół prezbiterium i nawy, na jego zewnątrz. Stan kościoła nie był najlepszy, a określony zakres niezbędnych prac porządkowych – wykonano. Przekonywuje na o tym opis z kolejnej wizytacji parafii – z roku1598. Zapisano w nim, że kościół był wewnątrz pięknie ozdobiony, miał malowany strop, a obok świątyni stała dzwonnica, w której zawieszone były dwa dzwony oraz stała drewniana kostnica. Na podstawie wzmianki o rektorze szkoły i kantorze miejscowego chóru możemy przypuścić, że przy kościele funkcjonowała również szkoła. Wzmiankowany jest szpital, pozbawiony odpowiedniego uposażenia, w którym mieszkało kilku ubogich, utrzymujących się z jałmużny[5]. Kolejny opis z 1664 r. odnotowano zakrystię raz zadaszonego korytarzyka do dzwonnicy i kostnicy. W roku 1748 stan kościoła był bardzo lichy, wewnątrz świątyni było trzy ołtarze – główny ze sceną Ukrzyżowania (chyba zachowany dziś w kościele pierzchnickim) oraz w bocznych Matka Boska i św. Jan Kanty. Elementy kamienne to posadzka oraz kamienna chrzcielnica. Kościół rozebrano ostatecznie w 1840, a przyczyną braku zainteresowania losem pierwotnej świątyni, niejako matrix tutejszej parafii, było wzniesieni nowego kościoła w latach 1798-1800 z fundacji Macieja Sołtyka i jego małżonki Małgorzaty. Co wydaje się dziwne, proboszcz mieszkał długo jeszcze w starej, drewnianej plebanii nad rzeczką, miejsca na wybudowanie nowej – nawet zbywało.
Obecnie po kościele i zabudowie proboszczowskiej nic nie pozostało, zapewne tylko niewidoczne dla nas i nie przebadane fundamenty, może z murowanymi kryptami, kryjącymi prochy zacnych przedstawicieli miejscowego Civitatis Pierzchninensis (Obywatelstwa Miasta Pierzchnicy), i jak to bywało, szlachty okolicznej, tudzież miejscowych kapłanów…